При расшифровке генома дрозофилы было установлено что. Полный геном одного биологического вида найден в другом. Сравнительная и функциональная геномика растений
) обнаружили в геноме плодовой мушки (Drosophila ananassae ) полную копию генома бактерии-паразита Wolbachia .
Бактерия вольбахия проживает в цитоплазме клеток хозяина и известна тем, что научилась тонко регулировать размножение, развитие и даже эволюцию своих хозяев. Поэтому её часто называют «микробом-манипулятором» или «повелителем мух» (так как проживает она в клетках насекомых).
Исследование началось с того, что Джули Даннинг-Хотопп (Julie Dunning-Hotopp) из JCVI обнаружила, как некоторые гены вольбахии «кооперируются» с генами дрозофилы, будто они являются частями одного генома.
Майкл Кларк (Michael Clark) – научный сотрудник университета Рочестера — поселил колонию Drosophila ananassae в лаборатории, чтобы вместе с Уэрреном понять, в чём секрет.
Ген вольбахии в геноме дрозофилы (иллюстрация University of Rochester).
«В течение нескольких месяцев, я думал, что в чём-то ошибаюсь, — говорит Кларк, — я даже предположил, что выработалась устойчивость к антибиотику, ведь каждый ген вольбахии я обнаруживал вновь и вновь. Когда же я, наконец, взял ткани, которые оставил в покое несколько месяцев назад, то саму вольбахию не обнаружил».
Сейчас Уэррен и Кларк пытаются понять, в чём преимущество встраивания такого большого куска ДНК для дрозофилы — возможно, «чужие» гены предоставляют хозяину какие-то новые возможности.
А так гены вольбахии переходят в ДНК хозяина (иллюстрация Nicolle Rager Fuller, National Science).
Результаты проведённого исследования опубликованы в статье в журнале Science. В ней авторы предполагают, что горизонтальная передача генов (передача генов между видами, не являющимися родственными) происходит между бактериями и многоклеточными организмами в нашем мире значительно чаще, чем предполагалось ранее.
Расшифровка молекулярно-генетических механизмов манипуляций, осуществляемых вольбахией со своими хозяевами, даст человеку мощные новые средства воздействия на живые организмы и природу в целом.
Впрочем, не все насекомые подвержены плохому влиянию вольбахии. Например, бабочки с островов Самоа "научились" защищать своих самцов. Интересно, научатся ли бороться с нею малярийные комары , которых хотят заразить этой бактерией?
Образец Всероссийской Проверочной работы по биологии
11 класс
Инструкция по выполнению работы
Проверочная работа включает в себя 14 заданий. На выполнение работы по биологии отводится 1 час 30 минут (90 минут).
Ответами к заданиями являются последовательность цифр, число, слово (словосочетание) или короткий свободный ответ, который записывается в отведенном для этого месте работы. В случае записи неверного ответа зачеркните его и запишите рядом новый.
При выполнении заданий Вы можете пользоваться черновиком. Записи в черновике не учитываются при оценивании работы. Советуем выполнять задания в том порядке, в котором они даны. Для экономии времени пропускайте задание, которое не удается выполнить сразу, и переходите к следующему. Если после выполнения всей работы у Вас останется время, Вы сможете вернуться к пропущенным заданиям.
Баллы, полученные Вами за выполненные задания, суммируются.
Постарайтесь выполнить как можно больше заданий и набрать наибольшее количество баллов.
Пояснения к образцу всероссийской проверочной работы
Приознакомлении с образцом проверочной работы следует иметь в виду, что задания, включенные в образец, не отражают всех умений и вопросов содержания, которые будут проверяться в рамках всероссийской проверочной работы. Полный перечень элементов содержания и умений, которые могут проверяться в работе, приведен в кодификаторе элементов содержания и требований к уровню подготовки выпускников для разработки ВПР по биологии. Назначение образца проверочной работы заключается в том, чтобы дать представление о структуре ВПР, количестве и форме заданий, об уровне их сложности.
1. В опыте экспериментатор осветил часть капли с находящимися в ней амебами. Через непродолжительное время простейшие стали активно двигаться в одном направлении.
1.1. Какое свойство организмов иллюстрирует опыт?
Объяснение: выделяют 7 свойств живых организмов (именно по этим признакам живое отличается от неживого): питание, дыхание, раздражимость, подвижность, выделение, размножение, рост. Амебы из светлой части капли двигаются в темную, так как реагируют на свет, то есть выбираем свойство - раздражимость.
Ответ: раздражимость.
1.2. Приведите пример подобного явления у растений.
Объяснение: здесь можем написать любой пример реакции (проявления раздражимости) у растений.
Ответ: закрытие ловчего аппарата у хищных растений ИЛИ поворот листьев к солнцу или движение подсолнечника в течение дня за солнцем ИЛИ изгибы стеблей из0за изменения ландшафта (окружающей среды).
2. На опушке леса живет и взаимодействуют множество растений, животных, грибов и микроорганизмов. Рассмотрите группу, в которую входят гадюка, орел, ежа сборная, живородящая ящрица, кузнечик обыкновенный. Выполните задания.
2.1. Подпишите изображенные на фотографиях и рисунке объекты, входящие в указанную выше группу.
1 - живородящая ящерица
2 - гадюка
3 - ежа сборная
4 - кузнечик обыкновенный
5 - орел
2.2. Распределите данные организмы по их положению в пищевой цепи. В каждую ячейку запишите номер или название одного из объектов группы.
Пищевая цепь: ежа сборная - кузннечик обыкновенный - живородящая ящерица - гадюка - орел.
Объяснение: пищевую цепь начинаем с продуцента (зеленого растения - производителя органических веществ) - ежа сборная, затем, консумент 1-го порядка (консументы потребляют органические вещества и имеют несколько порядков) - кузнечник обыкновенный, живородящая ящерица (консумент 2-го порядка), гадюка (консумент 3-го порядка), орел (консумнт 4-го порядка).
2.3. Как скажется на численности орлов сокращение количества ежи сборной? Ответ обоснуйте.
Ответ: при сокращении численности ежи сборной уменьшается численность всех последующих компонентов и, в конце концов, орлов, то есть численность орлов снижается.
3. Рассмотрите рисунок, на котором представлена схема круговорота углерода в природе. Укажите название вещества, обозначенного вопросительным знаком.
Объяснение: вопросительным знаком обозначен углекислый газ (СО2), так как при сжигании, дыхании и разложении органических веществ образуется СО2, а при фотосинтезе он образуется (а еще растворяется в воде).
Ответ: углекислый газ (СО2).
4. Петр смешал в 25 пробирках равные количества фермента и его субстрата. Пробирки оставлялись на одинаковое время при различных температурах, измерялась скорость реакции. По результатам эксперимента Петр построил график (по оси х отложена температура (в градусах Цельсия), а по оси у - скорость реакции (в усл. ед.).
Опишите зависимость скорости ферментативной реакции от температуры.
Ответ: при повышении температуры до 30С скорость реакции увеличивается, далее, начинает уменьшаться. Оптимум температуры - 38С.
5. Установите последовательность соподчинения элементов биологических систем, начиная с наибольшего.
Пропущенные элементы:
1. Человек
2. Бицепс
3. Мышечная клетка
4. Рука
5. Аминокислота
6. Белок актин
Запишите соответствующую последовательность цифр.
Объяснение: располагает элементы, начиная с наибольшего уровня:
человек - организменный
рука - органный
бицепс - тканевый
мышечная клетка - клеточный
белок актин - молекулярный (белки состоят из аминокислот)
аминокислота - молекулярный
Ответ: 142365.
6. Белки выполняют множество важных функций в организмах человека и животных: обеспечивают организм строительным материалом, являются биологическими катализаторами или регуляторами, обеспечивают движение, некоторые транспортируют кислород. Для того, чтобы организм не испытывал проблем, человеку в сутки необходимо 100-120 г белков.
6.1. Используя данные таблицы, рассчитайте количество белков, которое человек получил во время ужина, если в его рационе было: 20 г хлеба, 50 г сметаны, 15 г сыра и 75 г трески. Ответ округлите до целых.
Объяснение: в 100 г хлеба содржится 7,8 г белков, тогда в 20 г хлеба в 5 раз меньше белков - 1,56 г. В 100 г сметаны содержится 3 г белка, тогда в 50 г в 2 раза меньше - 1,5 г. В 100 г сыра - 20 г белка, в 15 г сыра - 3 г, в 100 г трески - 17,4 г белка, в 75 г трески - 13,05 г.
Итого: 1,56 + 1,5 + 3 + 13,05 = 19, 01 (что примерно равно 19).
Ответ: 19 г.
ИЛИ
6.1.Человек выпил чашку крепкого кофе, содержащую 120 мг кофеина, который полностью всосался и равномерно распределился по крови и другим жидкостям тела. У исследуемого человека объем жидкостей тела можно считать равным 40 л. Рассчитайте, через какое время (в ч) после приема кофеин перестанет действовать на этого человека, если кофеин перестает действовать при концентрации 2 мг/л, а концентрация его снижается за час на 0,23 мг. Ответ округлите до десятых.
Объяснение: 120 мг кофеина распределились по организму человека в объеме 40 л, то есть концентрация стала 3 мг/л. При концентрации 2 мг/л кофеин перестает действовать, то есть действует только 1 мг/л. Чтобы узнать количество часов, разделим 1 мг/л на 0,23 мг (снижение концентрации в час), получим 4,3 часа.
Ответ: 4,3 часа.
6.2. Назовите один из ферментов, вырабатываемый железами пищеварительной системы:
Ответ: стенки желудка вырабатывают пепсин, который в кислой среде расщепляет белки до дипептидов. Липаза расщепляет липиды (жиры). Нуклеазы расщепляют нуклеиновые кислоты. Амилаза расщепляет крахмал. Мальтаза расщепляет мальтозу до глюкозы. Лактаха расщепляет лактозу до глюкозы и галактозы. Нужно написать один фермент.
7. Определите происхождение болезней, приведенных в списке. Запишите номера каждой из болезней в списке в соответствующую ячейку таблицы. В ячейках таблицы может быть записано несколько номеров.
Список болезней человека:
1. Гемофилия
2. Ветряная оспа
3. Цинга
4. Инфаркт миокарда
5. Холера
Объяснение: см. Болезни человека для ВПР
8. В медицинской генетике широко используется генеалогический метод. Он основан на составлении родословной человека и изучении наследования того или иного признака. В подобных исследованиях используются определенные обозначения. Изучите фрагмент родословного дерева одной семьи, у некоторых членов которой сросшаяся мочка уха.
Используя предложенную схему, определите доминантным или рецессивным является данный признак и сцеплен ли он с половыми хромосомами.
Объяснение: признак является рецессивным, так как в первом поколении не проявляется совсем, а во втором поколении проявляется только у 33% детей. Признак с полом не сцеплен, так как проявляется и у мальчиков и у девочек.
Ответ: рецессивен, с полом не сцеплен.
9. Владимир всегда хотел иметь жёсткие волосы, как у его папы (доминантный признак (А)). Но волосы у него были мягкие, как у мамы. Определите генотипы членов семьи по признаку качества волос. Ответы занесите в таблицу.
Объяснение: мягкие волосы - рецессивный признак (а), отец по данному признаку гетерозиготен, так как сын гомозиготен рецессивен (аа), как и мать. То есть:
Р: Аа х аа
Г: А, а х а
F1: Аа - 50% детей с жесткими волосами
аа - 50% детей с мягкими волосами.
Ответ:
| Мать | Отец | Сын |
| аа | Аа | аа |
10. Екатерина решила сдать кровь в качестве донора. При заборе крови выяснилось, что у Екатерины III группа. Екатерина знает, что у ее матери I группа крови.
10.1. Какой группы может быть кровь у отца Екатерины?
Объяснение: исходя из данных таблицы, у отца Екатерины может быть III или IV группа крови.
Ответ: III или IV.
10.2. Руководствуясь правилами переливания крови, определите, может ли Екатерина быть донором крови для своего отца.
Объяснение: Екатерина с I группой крови является универсальным донором (при условии совпадения резус-факторов), то есть от нее можно перелить кровь отцу.
Ответ: может.
11. Функцией изображенного на рисунке органоида является окисление органических веществ и запасание энергии при синтезе АТФ. В этих процессах важную роль играет внутренняя мембрана этого органоида.
11.1. Как называется этот органоид?
Ответ: на рисунке изображена митохондрия.
11.2. Объясните, как упаковка внутренней мембраны в органоиде связана с выполняемой им функцией.
Отвте: при помощи складок внутренней мембраны увеличивает внутреннюю поверхность органоида и может окислиться большее окличество органических веществ, а также выработаться большее количество АТФ на АТФ-синтазах - ферментативных комплексах, вырабатывающих энергию в виде АТФ (главной энергетической молекулы).
12. Фрагмент иРНК имеет следующую последовательность:
УГЦГААУГУУУГЦУГ
Определите последовательность участка ДНК, послужившего матрицей для синтеза этой молекулы РНК, и последовательность белка, которая кодируется этим фрагментом иРНК. При выполнении задания воспользуйтесь правилом комплементарности и таблицей генетического кода.
Правила пользования таблицей
Первый нуклеотид в триплете берется из левого вертикального ряда; второй - из верхннего горизонтального ряда и третий - из правого вертикального. Там, где пересекутся линии, идущие от всех трех нуклеотидов, и находится искомая аминокислота.
Объяснение: разделим последовательность на триплеты (по три нуклеотида): УГЦ ГАА УГУ УУГ ЦУГ. Запишем соответствующую последовательность нуклеотидов в ДНК (обратную комплементарную последовательность нуклеотидов, учитыва, что А-Т (в РНК У), Г-Ц.
То есть цепь ДНК: АЦГ ЦТТ АЦА ААУ ГАУ.
По последовательности РНК находим соответствующую последовательность аминокислот. Первая аминокислота - цис, далее глу, цис, лей, лей.
Белок: цис-глу-цис-лей-лей.
12.3. При расшифровке генома томата было установлено, что во фрагменте молекулы ДНК доля тимина составляет 20%. Пользуясь правилом Чаргаффа, описывающим количественные соотношения между различными типами азотистых оснований в ДНК (Г+Т = А+Ц), рассчитайте количество (в %) в этой пробе нуклеотидов с цитозином.
Объяснение: если количество тимина - 20%, то количество аденина тоже 20% (так как они комплементарны). На гуанин и цитозин остается 60% (100 - (20 + 20)), то есть по 30%.
Ответ: на цитозин приходится 30%.
13. Современную эволюционную теорию можно представить в виде следующей схемы.
Ответ: вероятно предки жирафа имели разную длину шеи, но так как жирафам нужно было дотягиваться до высоко растущих зеленых листьев, выживали жирафы только с длинной шеей, то есть наиболее приспособленные (данный признак прикреплялся из поколения в поколение, это привело к изменению генетического состава популяции). Таким образом, в ходе естественного отбора выжили только особи с наиболее длинной шеей и длина шеи постепенно увеличивалась.
14. На рисунке изображен кордаит - вымершее древесное голосеменное растение, обитавшее 370-250 млн лет назад.
Используя фрагмент геохронологической таблицы, определите эру и периоды, в которых обитал данный организм. Какие растения были их возможными предками?
Геохронологическая таблица
Объяснение: голосеменные, вероятно, появились в Палеозойскую эру. периоды: Пермь, Карбон (возможно, Девон). Возникли от древовидных папоротников (в палеозойскую эру достигли расцвета более примитивные растения, а голосеменные широко распространились и достигли расцвета в Мезозойскую эру).
Эра: Палеозойская
Периоды: Пермь, Карбон, Девон
Возможные предки: древовидные папоротники
2 018 Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки Российской Федерации
Прыгающие гены
В середине прошлого века американская исследовательница Барбара Макклинток обнаружила у кукурузы удивительные гены, способные самостоятельно менять свое положение на хромосомах. Сейчас их называют «прыгающие гены» или транспозабельные (мобильные) элементы. Открытие долгое время не признавали, считая мобильные элементы уникальным явлением, характерным только для кукурузы. Однако именно за это открытие в 1983 году Макклинток была удостоена Нобелевской премии - на сегодня прыгающие гены обнаружены практически у всех изученных видов животных и растений.
Откуда же взялись гены-попрыгунчики, что они делают в клетке, есть ли от них польза? Почему при генетически здоровых родителях семья плодовой мушки дрозофилы из-за прыгающих генов может с большой частотой производить мутантное потомство или даже вовсе оказаться бездетной? Какова роль прыгающих генов в эволюции?
Нужно сказать, что гены, обеспечивающие работу клеток, расположены в хромосомах в определенном порядке. Благодаря этому для многих видов одноклеточных и многоклеточных организмов удалось построить так называемые генетические карты. Однако между генами находится на порядок больше генетического материала, чем в них самих! Какую роль играет эта «балластная» часть ДНК, до конца не установлено, но именно здесь чаще всего и обнаруживают мобильные элементы, которые не только сами перемещаются, но могут прихватывать с собой и соседние фрагменты ДНК.
Откуда ведут свое происхождение гены-попрыгунчики? Предполагают, что по крайней мере часть из них ведет свое происхождение от вирусов, поскольку некоторые мобильные элементы способны формировать вирусные частицы (как, например, мобильный элемент gipsy у плодовой мушки Drosophila melanogaster ). Часть мобильных элементов появляется в геноме путем так называемого горизонтального переноса из других видов. Например, установлено, что мобильный hobo -элемент (в переводе на русский он так и называется - бродяга) Drosophila melanogaster неоднократно заново внедрялся в геном этого вида. Есть версия, что автономность и склонность к «бродяжничеству» могут иметь и некоторые регуляторные участки ДНК.
Полезный балласт
С другой стороны, большая часть прыгающих генов, несмотря на название, ведет себя смирно, хотя и составляет пятую часть от всего генетического материала Drosophila melanogaster или почти половину человеческого генома.
В избыточности ДНК, о которой упоминалось выше, есть свой плюс: балластная ДНК (в том числе и пассивные мобильные элементы) берет на себя удар в случае внедрения в геном чужеродной ДНК. Вероятность того, что новый элемент встроится в полезный ген и тем самым нарушит его работу, снижается, если балластной ДНК гораздо больше, чем значимой.
Некоторая избыточность ДНК полезна так же, как и «избыточность» букв в словах: мы пишем «Мария Ивановна», а говорим «Маривана». Часть букв неизбежно теряется, но смысл остается. Тот же принцип работает и на уровне значимости отдельных аминокислот в молекуле белка-фермента: строго консервативна лишь последовательность аминокислот, формирующая активный центр. Таким образом, на разных уровнях избыточность оказывается своеобразным буфером, обеспечивающим резерв прочности системы. Вот так и мобильные элементы, потерявшие подвижность, оказываются не бесполезными для генома. Как говорится, «с худой овцы хоть шерсти клок», хотя, может быть, здесь лучше бы подошла другая пословица - «каждое лыко в строку».
Мобильные элементы, сохранившие способность прыгать, перемещаются по хромосомам дрозофилы с частотой 10 –2 -10 –5 на ген за поколение в зависимости от типа элемента, генетического фона и внешних условий. Это означает, что один из ста прыгающих генов, находящихся в клетке, после очередного клеточного деления может поменять свою позицию. В результате через несколько поколений распределение мобильных элементов по хромосоме может измениться очень существенно.
Изучать такое распределение удобно на политенных (многонитчатых) хромосомах из слюнных желез личинок дрозофилы. Эти хромосомы во много раз толще обычных, что значительно упрощает их исследование под микроскопом. Как получаются такие хромосомы? В клетках слюнных желез ДНК каждой из хромосом умножается, как при обычном клеточном делении, но сама клетка при этом не делится. В итоге число клеток в железе не меняется, но зато за 10-11 циклов в каждой хромосоме накапливается несколько тысяч одинаковых нитей ДНК.
Отчасти именно благодаря политенным хромосомам прыгающие гены у дрозофилы изучены лучше, чем у других многоклеточных. В результате этих исследований выяснилось, что даже внутри одной популяции дрозофилы трудно найти две особи, которые имеют хромосомы с одинаковым распределением мобильных элементов. Неслучайно считается, что большая часть спонтанных мутаций у дрозофилы вызвана перемещением этих «попрыгунчиков».
Последствия могут быть разными…
По влиянию на геном активные мобильные элементы можно разделить на несколько групп. Часть их выполняет функции, исключительно важные и полезные для генома. Например, теломерная ДНК, расположенная на концах хромосом, у дрозофилы как раз и состоит из особых мобильных элементов. Эта ДНК крайне важна - потеря ее влечет за собой потерю всей хромосомы в процессе клеточного деления, что приводит клетки к гибели.
Другие мобильные элементы - откровенные «вредители». По крайней мере, таковыми их считают на данный момент. Например, мобильные элементы класса R2 могут специфически внедряться в гены членистоногих, кодирующие один из белков рибосом - клеточных «фабрик» по синтезу белка. Особи с подобными нарушениями выживают только потому, что при этом в геноме повреждается лишь часть из множества генов, кодирующих эти белки.
Есть и такие мобильные элементы, которые перемещаются только в репродуктивных тканях, продуцирующих половые клетки. Это объясняется тем, что в разных тканях один и тот же мобильный элемент может производить разные по длине и функции молекулы белка-фермента, необходимого для перемещения.
Примером последних может служить Р-элемент Drosophila melanogaster , попавший в ее природные популяции путем горизонтального переноса из другого вида дрозофил не более ста лет назад. Однако на Земле сейчас вряд ли найдется популяция Drosophila melanogaster , в которой не нашелся бы Р-элемент. При этом надо отметить, что большая часть его копий дефектна, более того - практически везде обнаружен один и тот же вариант дефекта. Роль последнего в геноме своеобразна: он «нетерпим» к своим собратьям и играет роль репрессора, блокируя их перемещение. Так что защита генома дрозофилы от прыжков «чужака» может частично осуществляться его же производными.
Главное - правильно выбрать родителей!
Большая часть прыжков мобильных элементов не сказывается на внешнем виде дрозофилы, потому что приходится на балластную ДНК, но бывают другие ситуации, когда активность их резко возрастает.
Как ни странно, самым мощным фактором, индуцирующим перемещение прыгающих генов, является неудачный подбор родителей. Например, что получится, если скрещивать самок из лабораторной популяции Drosophila melanogaster , которые не имеют Р-элемента (потому что их предки были выловлены из природы около ста лет назад), с самцами, несущими Р-элемент? У гибридов из-за бурного перемещения мобильного элемента может появиться большое количество разнообразных генетических нарушений. Это явление, названное гибридным дисгенезом, вызвано тем, что в материнской цитоплазме отсутствует репрессор, запрещающий перемещение мобильного элемента.
Таким образом, если женихи из популяции А и невесты из популяции Б могут создать многодетные семьи, то обратное не всегда верно. Семья из генетически здоровых родителей может произвести большое количество мутантных или бесплодных потомков, или даже вовсе оказаться бездетной, в случае если папа и мама имеют в геноме разный набор мобильных элементов. Особенно много нарушений появляется, если эксперимент проводить при температуре 29° С. Влияние внешних факторов, накладываясь на генетический фон, усиливает эффект несоответствия геномов, хотя сами по себе эти факторы (даже ионизирующая радиация) в одиночку не способны вызвать столь массовые перемещения мобильных элементов.
Сходные события у Drosophila melanogaster могут произойти с участием и других семейств мобильных элементов.
«Мобильная» эволюция
Клеточный геном можно рассматривать как своего рода экосистему из постоянных и временных членов, где соседи не просто сосуществуют, но и взаимодействуют друг с другом. Взаимодействие хозяйских генов с мобильными элементами пока плохо изучено, но результатов его можно привести множество - от гибели организма в случае повреждения важного гена до восстановления ранее поврежденных функций.
Случается, что и сами прыгающие гены взаимодействуют друг с другом. Так, известно явление, напоминающее иммунитет, когда мобильный элемент не может внедриться в непосредственной близости от уже имеющегося. Однако не все мобильные элементы столь деликатны: например, Р-элементы могут запросто внедряться друг в друга и выводить собратьев из игры.
Кроме того, в геноме существует своего рода саморегуляция числа мобильных элементов. Дело в том, что мобильные элементы могут обмениваться друг с другом гомологичными участками - этот процесс называется рекомбинацией . В результате такого взаимодействия мобильные элементы могут в зависимости от своей ориентации терять (делеция ) или разворачивать (инверсия ) фрагменты хозяйской ДНК, расположенные между ними. Если теряется значительный кусок хромосомы, геном погибнет. В случае инверсии или небольшой делеции создается разнообразие хромосом, что считается необходимым условием для эволюции.
Если рекомбинации происходят между мобильными элементами, расположенными в разных хромосомах, то в результате образуются хромосомные перестройки, которые при последующих клеточных делениях могут привести к несбалансированности генома. А несбалансированный геном, так же как и несбалансированный бюджет, очень плохо делится. Так что гибель неудачных геномов - одна из причин, почему активные мобильные элементы не заполоняют хромосомы безгранично.
Напрашивается естественный вопрос: насколько значим вклад мобильных элементов в эволюцию? Во-первых, большая часть мобильных элементов внедряется, грубо говоря, куда придется, в результате чего они могут повредить или изменить структуру или регуляцию гена, в который внедрились. Тогда естественный отбор отметает неудачные варианты, а удачные варианты с адаптивными свойствами закрепляются.
Если же последствия внедрения мобильного элемента окажутся нейтральными, то такой вариант может сохраниться в популяции, обеспечив некоторое разнообразие структуры гена. Это может пригодиться при неблагоприятных условиях. Теоретически при массовом перемещении мобильных элементов мутации могут появиться во многих генах одновременно, что может оказаться очень полезным при резкой смене условий существования.
Итак, подытожим: мобильных элементов в геноме много и они разные; они могут взаимодействовать как друг с другом, так и с хозяйскими генами; могут вредить и быть незаменимыми. Нестабильность генома, вызванная перемещением мобильных элементов, может закончиться трагедией для особи, но умение быстро меняться - необходимое условие выживания популяции или вида. Благодаря этому создается разнообразие, являющееся базой для естественного отбора и последующих эволюционных преобразований.
Можно провести некоторую аналогию между прыгающими генами и иммигрантами: некоторые иммигранты или их потомки становятся равноправными гражданами, другим дают вид на жительство, третьих - тех, кто не соблюдает законов, - депортируют или сажают в тюрьму. А массовые переселения народов могут быстро изменить само государство.
Литература
Ратнер В. А., Васильева Л. А. Индукция транспозиций мобильных генетических элементов стрессовыми воздейст-виями. Русский переплет. 2000.
Гвоздев В. А. Подвижные ДНК эукариот // Соросовский образовательный журнал. 1998. № 8.
В 05.09.2011 в 09:36, Лимарев сказал:
Лимарев В.Н.
Расшифровка генома человека.
Фрагмент из книги Л.Г. Пучко: «Радиэтезическое познание человека»
Для решении задач по расшифровки генома была организован международный проект «геном человека» с бюджетом в миллиарды долларов.
К 2000 году карта генома человека была практически составлена. Гены сосчитали, идентифицировали и зафиксировали в базах данных. Это огромные массивы информации.
Запись генома человека в оцифрованном виде занимает около 300 терабайт компьютерной памяти, что эквивалентно 3 тысячам жестких дисков емкостью по 100 гигабайт.
Оказалось. Что у человека не сотни тысяч, как предполагалось раньше, а чуть более 30 тысяч генов. У мухи – дрозофилы, их всего в два раза меньше – около13 тысяч, а у мыши почти столько же, как у человека. Уникальных для человека генов в расшифрованном геноме всего порядка 1%. Большую часть спирали ДНК, как оказалось, занимают не гены, а так называемые «пустые участки», в которых гены попросту незакодированны, а также повторяющиеся один за другим двойные фрагменты, смысл и значение которых неясен.
Одним словом, гены оказались даже не кирпичиками жизни, а лишь элементами чертежа, по которым строится здание организма. Кирпичики, как в прочем считалось до расцвета генетики, это белки.
Стало абсолютно очевидным, что в 1% уникальных для человека генов, не может быть закодирован столь огромный объем информации, отличающий человека от мыши. Где же хранится вся информация. Для многих ученых становится несомненным факт, что без Божественного начала нельзя объяснить природу человека. Ряд ученых предполагают, что в рамках существующих представлений об организме человека расшифровать геном человека в принципе невозможно.
Мир не познан - он познаваем (мои комментарии к статье).
1) Рассмотрим фрагмент: «Без Божественного начала нельзя объяснить природу человека.»
Изложенная выше информация никаким образом не говорит об этом.
Геном, действительно, имеет более сложную структуру, чем предполагалась ранее.
Но, ведь, и упомянутый в статье компьютер, не состоит только из ячеек памяти.
Компьютер имеет две памяти: долговременную и оперативную, а так же процессор, в котором идет обработка информации. Участвует в обработке информации и электромагнитное поле. Для того чтобы расшифровать информацию генома необходимо понимать, как происходите, не только хранение информации, но и её обработка. Я допускаю так же мысль, что часть информации храниться записанная посредством электромагнитного поля. А так же вне человека, как я уже писал, в специальных информационных центрах Высшего Разума.
Вот представьте себе беспрерывный текст закодированный двоичным кодом 0 или 1 азбуки Морзе, при этом вы не знаете на каком это языке (английском или французском….) написано, и вы не знаете что этот сплошной текст состоит из слов, предложений, абзацев, глав, томов, полок, шкафов и т.п.
Вот и в биологии почти тоже самое, только закодировано здесь всё четырёхзначным кодом и мы расшифровали пока порядок элементарные генов + - / *, но языка не знаем и соответствен слов, предложений, абзацев, глав, томов, полок, шкафов и т.п. Расшифрованный геном для нас, это пока сплошной текст 4х злачного кода и изучить это всё в лоб практически не возможно.
Но оказывается, в определённые перероды времени (и у индивидуума, и его когорты поколений и у вида, рода) некоторые гены и их комплексы (ответственные за слова, предложения, абзацы, главы, тома, полки, шкафы и т.п.) активны, а в другие периоды эволюции пассивны, что я косвенно и определил по различным полигенным признакам (что показано в теме Всеобщий периодический закон Эволюции).
Существую пока только два метода исследования генов, это простой лабораторный подсчёт суммы генов (ДНК) в пробе и есть прибор подсчитывающий количество выработанной РНК белков прилипших на электронный чип выработанных конкретным ДНК, но так как в каждый момент времени активно огромное количество ДНК и соответственно через РНК вырабатывается огромное количество разных белков, то в этом супе ковыряя разделять "эту лапшу ложкой, вилкой и японскими палочками" и найти при этом то что ты ищешь очень трудно - найти причинно-следственные связи между конкретным ДНК (как комплекс ДНК) и его влиянием на полигенный признак.
Похоже я нашёл простой метод как в этом всём супе ДНК, РНК и с их белками определяющих степень полигенного признака можно разобраться.
Как выяснилось, что каждый полигенный признак в порядке эволюции индивидуума (когорты поколений, вида и рода) периодичный следовательно должны быть переодичны по активности РНК и ДНК и следовательно всего лишь надо найти (сначала надаваясь в генетические подробности) корреляцию между метрическим изменением полигенного признака (у индивидуума, когорты поколений, вида, рода...) и пропорциональной этом периодам соответствующую активности РНК, ДНК.
Издательство «БИНОМ. Лаборатория знаний» выпускает книгу воспоминаний ученого-генетика Крейга Вентера «Расшифрованная жизнь». Крейг Вентер известен работами по прочтению и расшифровке генома человека. В 1992 году он основал Институт исследований генома (TIGR). В 2010 году Вентер создал первый в мире искусственный организм – синтетическую бактерию Mycoplasma laboratorium. Мы предлагаем вам ознакомиться с одной из глав книги, в которой Крейг Вентер рассказывает о работе 1999–2000 годов по секвенированию генома мухи дрозофилы.
Вперед, и только вперед
Фундаментальные аспекты наследственности оказались, к нашему удивлению, довольно просты, а потому появилась надежда, что, возможно, природа не так уж непознаваема, а ее не раз провозглашаемая самыми разными людьми непостижимость - просто еще одна иллюзия, плод нашего невежества. Это вселяет в нас оптимизм, поскольку, если бы мир был настолько сложным, как уверяют некоторые наши друзья, у биологии не было бы никакого шанса стать точной наукой.
Томас Хант Морган . Физические основы наследственности
Многие спрашивали меня, почему из всех живых существ на нашей планете я выбрал дрозофилу; других интересовало, почему я сразу не перешел к расшифровке генома человека. Дело в том, что нам нужна была основа для будущих экспериментов, мы хотели быть уверенными в правильности нашего метода, прежде чем потратить почти 100 миллионов долларов на секвенирование генома человека.
Маленькая дрозофила сыграла огромную роль в развитии биологии, особенно генетики. Род дрозофилы включает разных мушек - уксусных, винных, яблочных, виноградных, а также фруктовых, - всего около 26 сотен видов. Но стоит произнести слово «дрозофила», и любой ученый сразу подумает об одном определенном виде - Drosophilamelanogaster. Из-за того, что она быстро и легко размножается, эта крошечная мушка служит для биологов-эволюционистов модельным организмом. Они используют ее, чтобы пролить свет на чудо творения - от момента оплодотворения до становления взрослого организма. Благодаря дрозофилам было сделано немало открытий, в том числе обнаружены гомеобокссодержащие гены, регулирующие общее строение всех живых организмов.
Каждый, изучающий генетику, знаком с опытами на дрозофиле, выполненными Томасом Хантом Морганом, отцом американской генетики. В 1910 году он заметил среди обычных красноглазых мушек мутантов мужского пола с белыми глазами. Он скрестил белоглазую мужскую особь с красноглазой женской особью и обнаружил, что их потомство получилось красноглазым: белоглазость оказалась рецессивным признаком, и теперь мы знаем: чтобы у мушек были белые глаза, нужны две копии гена белоглазости, по одному от каждого родителя. Продолжая скрещивать мутантов, Морган обнаружил, что только у мужских особей проявляется признак белых глаз, и сделал вывод, что этот признак связан с половой хромосомой (Y-хромосомой). Морган и его ученики изучали наследуемые признаки у тысяч плодовых мушек. Сегодня эксперименты с дрозофилой ведутся в лабораториях молекулярной биологии всего мира, где это маленькое насекомое изучают более пяти тысяч человек.
Я на собственном опыте понял всю важность дрозофилы, когда использовал библиотеки ее кДНК генов при исследовании адреналиновых рецепторов и обнаружил у мушки их эквивалент - октопаминовые рецепторы. Это открытие указывало на общность эволюционной наследственности нервной системы мушки и человека. Пытаясь разобраться в библиотеках кДНК мозга человека, я путем компьютерного сопоставления генов человека с генами дрозофилы нашел гены со сходными функциями.
Проект секвенирования гена дрозофилы был запущен в 1991 году, когда Джерри Рубин из Калифорнийского университета в Беркли и Аллен Спредлинг из института Карнеги решили, что настало время приняться за эту задачу. В мае 1998 года 25% секвенирования было уже завершено, и я внес предложение, которое, по словам Рубина, было «слишком хорошим, чтобы от него отказаться». Моя идея была довольно рискованной: тысячам исследователей плодовой мушки из разных стран предстояло пристально изучить каждую букву полученного нами кода, сравнивая ее с высококачественными, эталонными данными самого Джерри, а затем сделать заключение о пригодности моего метода.
Исходный план предполагал завершение секвенирования генома мушки в течение шести месяцев - к апрелю 1999 года, чтобы затем начать атаку на геном человека. Мне казалось, это самый эффектный и всем понятный способ продемонстрировать, что наш новый метод работает. А если у нас ничего не получится, полагал я, то лучше в этом быстро убедиться на примере дрозофилы, чем работая над геномом человека. Но, по правде говоря, полная неудача была бы самым впечатляющим провалом в истории биологии. Джерри тоже рисковал своей репутацией, поэтому все в Celera были полны решимости поддержать его. Я попросил Марка Адамса возглавить нашу часть проекта, и так как у Джерри в Беркли тоже была первоклассная команда, наше сотрудничество шло как по маслу.
Прежде всего встал вопрос о чистоте ДНК, которую нам предстояло секвенировать. Как и люди, мушки различаются на генетическом уровне. Если генетических вариаций в популяции более 2%, и мы имеем 50 различающихся индивидуумов в выбранной группе, то расшифровка оказывается весьма сложной. В первую очередь Джерри пришлось провести инбридинг мушек в максимально возможной степени, чтобы предоставить нам однородный вариант ДНК. Но для обеспечения генной чистоты инбридинга было недостаточно: при извлечении ДНК мушки существовала опасность загрязнения генетическим материалом из клеток бактерий, находящихся в пище мушки или в ее кишечнике. Чтобы избежать этих проблем, Джерри предпочитал извлекать ДНК из мушиных эмбрионов. Но и из клеток эмбрионов приходилось сначала выделять ядра с нужной нам ДНК, чтобы не загрязнять ее внеядерной ДНК митохондрий - «силовых установок» клетки. В результате мы получили пробирку с мутноватым раствором чистой дрозофильной ДНК.
Летом 1998 года команда Хэма, имея такую чистую ДНК мушки, приступила к созданию библиотек ее фрагментов. Сам Хэм больше всего любил разрезать ДНК и соединять внахлест полученные фрагменты, понизив чувствительность своего слухового аппарата, чтобы никакие посторонние звуки не отвлекали его от работы. Создание библиотек должно было положить начало масштабному секвенированию, но пока повсюду раздавались одни только звуки дрели, стук молотков и визжание пил. Рядом постоянно мозолила глаза целая армия строителей, а мы продолжали решать важнейшие проблемы - устранение неполадок в работе секвенаторов, роботов и другого оборудования, пытаясь не за годы, а за считанные месяцы создать с нуля настоящую «фабрику» секвенирования.
Первый секвенатор ДНК модели 3700 был доставлен в Celera 8 декабря 1998 года и встречен c большим восторгом и всеобщим вздохом облегчения. Устройство извлекли из деревянного ящика, поместили в комнату без окон в подвале - его временное пристанище, и сразу приступили к пробным испытаниям. Когда он заработал, мы получили очень качественные результаты. Но эти первые экземпляры секвенаторов работали весьма нестабильно, а некоторые были неисправны с самого начала. С работающими тоже постоянно возникали проблемы, порой чуть ли не ежедневно. Например, в программе управления роботом-манипулятором появилась серьезная ошибка - иногда механическая рука робота на большой скорости выдвигалась над устройством и с размаху врезалась в стену. В результате секвенатор останавливался, и для его починки приходилось вызывать ремонтную бригаду. Некоторые секвенаторы выходили из строя из-за блуждающих лазерных лучей. Для защиты от перегрева использовались ленты из фольги и скотча, поскольку при высокой температуре из последовательностей испарялись окрашенные в желтый цвет фрагменты Gs.
Хотя устройства теперь поставлялись регулярно, около 90% из них с самого начала были неисправны. В некоторые дни секвенаторы вообще не работали. Я твердо верил в Майка Ханкапиллера, однако моя вера сильно поколебалась, когда он стал винить в неудачах наших сотрудников, строительную пыль, малейшие колебания температуры, фазы Луны и так далее. Некоторые из нас от стресса даже поседели.
Не подающие признаков жизни 3700-е, ожидающие отправки обратно в ABI, стояли в кафетерии, и, в конце концов, дошло до того, что нам приходилось обедать практически в «морге» секвенаторов. Я был в отчаянии - ведь мне ежедневно нужно было определенное количество работающих устройств, а именно 230! За примерно 70 миллионов долларов компания ABI обещала предоставить нам или 230 абсолютно исправных устройств, работающих без перебоев целый день, или 460, которые работали хотя бы полдня. Кроме того, Майку следовало удвоить количество квалифицированного технического персонала для незамедлительного ремонта секвенаторов после поломки.
Однако какой интерес заниматься всем этим за те же деньги! К тому же у Майка появился еще один клиент - государственный геномный проект, руководители которого уже начали закупать сотни устройств безо всякого тестирования. Будущее Celera зависело от этих секвенаторов, но Майк, по-видимому, не понимал, что и будущее ABI от них зависело. Конфликт был неизбежен, что и проявилось на важном совещании инженеров ABI и моей команды, состоявшемся в Celera.
После того, как мы сообщили об огромном количестве дефектных приборов и о том, как много времени требуется на исправление поломок секвенаторов, Майк снова попытался свалить всю вину на моих сотрудников, но даже его собственные инженеры с ним не согласились. В конце концов вмешался Тони Уайт. «Мне все равно, сколько это стоит и кого нужно прибить за это», - сказал он. Тогда он в первый и последний раз действительно встал на мою сторону. Он приказал Майку как можно скорее обеспечить поставку новых секвенаторов, даже в ущерб другим клиентам и даже если пока неизвестно, во сколько это обойдется.
Тони также распорядился, чтобы Майк нанял еще двадцать специалистов для оперативного ремонта и определения причин всех проблем. На деле это было легче сказать, чем сделать, потому что опытных работников не хватало. Начать с того, что Эрик Ландер переманил двоих из самых квалифицированных инженеров, и по мнению Майка, тут тоже были виноваты мы. Повернувшись к Марку Адамсу, Майк сказал: «Вы должны были нанять их раньше, чем это сделал кто-то другой». После такого заявления я окончательно потерял к нему всякое уважение. Ведь согласно нашему договору, я не мог нанимать сотрудников ABI, в то время как Ландер и другие руководители государственного проекта генома имели на это право, поэтому очень скоро лучшие инженеры ABI начали работать на наших конкурентов. К концу совещания я понял - проблемы остались, но луч надежды на улучшение все-таки забрезжил.
Так и произошло, хотя и не сразу. Наш арсенал секвенаторов увеличился с 230 до 300 устройств, и если 20–25% из них отказывали, мы все-таки имели около 200 работающих секвенаторов и кое-как справлялись с поставленными задачами. Технические сотрудники работали героически и неуклонно увеличивали темп ремонтных работ, сокращая простои. Все это время я думал об одном: то, что мы делаем, - выполнимо. Неудачи возникали по тысяче причин, но провал не входил в мои планы.
Мы всерьез взялись за секвенирование генома дрозофилы 8 апреля, примерно тогда, когда уже должны были завершить эту работу. Я, конечно, понимал, что Уайт хочет от меня избавиться, но делал все от меня зависящее ради выполнения главной задачи. Напряжение и беспокойство преследовали меня и дома, но с самым своим «доверенным лицом» я эти проблемы обсуждать не мог. Клэр откровенно демонстрировала свое презрение, видя, насколько я поглощен делами Celera. Ей казалось, что я повторяю те же ошибки, которые делал, работая в TIGR/HGS. К 1 июля я чувствовал себя глубоко подавленным, как это уже было во Вьетнаме.
Поскольку конвейерный метод пока у нас не работал, нам предстоял тяжелый изнурительный труд - заново «склеивать» фрагменты генома. Чтобы обнаруживать совпадения и не отвлекаться на повторы, Джин Майерс предложил алгоритм на основе ключевого принципа моего варианта метода дробовика: секвенировать оба конца всех полученных клонов. Поскольку Хэм получал клоны трех точно известных размеров, мы знали, что две концевые последовательности находятся на строго определенном расстоянии друг от друга. Как и прежде, этот способ «нахождения пары» даст нам прекрасную возможность снова собрать геном.
Но поскольку каждый конец последовательности секвенировался отдельно, для обеспечения четкой работы этого метода сборки нужно было вести тщательный учет - для абсолютной уверенности, что мы смогли правильно соединить все пары концевых последовательностей: ведь если хотя бы одна из ста попыток приведет к ошибке и не найдется соответствующая пара для последовательности, все пойдет насмарку и метод не сработает. Один из способов избежать этого - использование штрих-кода и датчиков для отслеживания каждого этапа процесса. Но в начале работы у лаборантов не было необходимого программного обеспечения и оборудования для секвенирования, поэтому приходилось делать все вручную. В Celera небольшая команда, менее двадцати человек, каждый день обрабатывала рекордное количество клонов - 200 тысяч. Мы могли предвидеть некоторые ошибки, например неправильное прочтение данных из 384 лунок, а затем использовать компьютер для нахождения явно ошибочной операции и исправить положение. Конечно, еще оставались отдельные недочеты, но это только подтверждало мастерство команды и уверенность, что мы можем устранять ошибки.
Несмотря на все сложности, мы сумели за четыре месяца прочесть 3156 миллионов последовательностей, всего около 1,76 миллиарда нуклеотидных пар, содержащихся между концами 1,51 миллиона клонов ДНК. Теперь настала очередь Джина Майерса, его команды и нашего компьютера - нужно было сложить все участки вместе в хромосомы дрозофилы. Чем длиннее становились участки, тем менее точным оказывалось секвенирование. В случае дрозофилы последовательности насчитывали в среднем 551 нуклеотидную пару, и средняя точность была 99,5%. Если иметь 500-буквенные последовательности, почти любой может определить места совпадений, передвигая одну последовательность вдоль другой до тех пор, пока не обнаружатся совпадения.
Для секвенирования Haemophilus influenzae у нас было 26 тысяч последовательностей. Для сравнения каждой из них со всеми остальными потребовалось бы проделать 26 тысяч сравнений в квадрате, или 676 миллионов. Геном дрозофилы, с его 3,156 миллиона прочтений потребовал бы около 9,9 триллиона сравнений. В случае человека и мыши, где мы произвели 26 миллионов прочтений последовательности, требовалось около 680 триллионов сравнения. Поэтому не вызывает удивления, что большинство ученых весьма скептически относились к возможному успеху этого метода.
Хотя Майерc и обещал все наладить, у него постоянно возникали сомнения. Теперь он работал дни и ночи напролет, выглядел измученным и как-то посерел. К тому же у него были проблемы в семье, и он стал большую часть свободного времени проводить с журналистом Джеймсом Шривом, который писал о нашем проекте и как тень следил за ходом исследований. Пытаясь как-то отвлечь Джина, я взял его с собой на Карибы - расслабиться и походить под парусом на моей яхте. Но и там он часами сидел, скрючившись над ноутбуком, нахмурив черные брови и щуря свои черные глаза от яркого солнца. И, несмотря на невероятные трудности, Джин и его команда сумели за полгода сгенерировать более полумиллиона строк компьютерного кода для нового ассемблера.
Если бы результаты секвенирования были стопроцентно точными, без повторяющихся ДНК, сборка генома была бы относительно несложной задачей. Но в реальности геномы содержат большое количество повторяющихся ДНК разного типа, разной длины и частоты. С короткими повторами, состоящими из менее пяти сотен пар нуклеотидов, справиться относительно легко, с более длинными повторами - сложнее. Для решения этой проблемы мы использовали метод «нахождения пары», то есть секвенировали оба конца каждого клона и получали клоны разной длины для обеспечения максимального количества совпадений.
Алгоритмы, закодированные в полумиллионе строк компьютерного кода команды Джина, предполагали поэтапный сценарий - от самых «безвредных» действий, например простого перекрывания двух последовательностей, до более сложных, например использования обнаруженных пар для слияния островков перекрывшихся последовательностей. Это было похоже на сложение головоломки, когда небольшие островки собранных участков составляются вместе и образуют большие острова, а затем весь процесс повторяется снова. Только вот в нашей головоломке было 27 миллионов фрагментов. И было очень важно, чтобы участки брались из последовательности высокого качества сборки: представьте себе, что будет, если вы собираете пазл, а цвета или изображения его элементов нечеткие и размытые. Для дальнего порядка последовательности генома значительная доля прочтений должна быть в виде совпадающих пар. Учитывая, что результаты все еще отслеживались вручную, мы с облегчением обнаружили, что 70% имевшихся у нас последовательностей именно такие. Специалисты по компьютерному моделированию объяснили, что при меньшем проценте собрать нашего «шалтая-болтая» было бы невозможно.
И теперь мы смогли использовать ассемблер Celera для секвенирования последовательности: на первом этапе результаты корректировались для достижения самой высокой точности; на втором этапе программа Screener удаляла загрязняющие последовательности из ДНК плазмиды или E. coli. Процесс сборки может быть нарушен всего-навсего какими-то 10 парами оснований «чужой» последовательности. На третьем этапе программа Screener проверяла каждый фрагмент на соответствие известным повторяющимся последовательностям в геноме плодовой мушки - данным Джерри Рубина, который их «любезно» нам предоставил. Местоположение повторов с частично перекрывающимися участками записывалось. На четвертом этапе другая программа (Overlapper) обнаруживала перекрывающиеся участки, сравнивая каждый фрагмент со всеми остальными, - колоссальный эксперимент по обработке огромного объема числовых данных. Ежесекундно мы сравнивали 32 миллиона фрагментов с целью обнаружить по крайней мере 40 перекрывающихся пар оснований с менее 6% различий. При обнаружении двух перекрывающихся участков мы объединяли их в больший фрагмент, так называемый «контиг» - набор перекрывающихся фрагментов.
В идеальном случае этого бы вполне хватило для сборки генома. Но нам приходилось бороться со статтерами и повторами в коде ДНК, а это означало, что один фрагмент ДНК может перекрываться с несколькими различными участками, создавая ложные соединения. Чтобы упростить задачу, мы оставляли только однозначно соединенные фрагменты, так называемые «унитиги». Программа, с помощью которой мы выполняли эту операцию (Unitigger), по существу удаляла всю последовательность ДНК, которую мы не могли с уверенностью определить, оставляя лишь эти унитиги. Этот шаг не только дал нам возможность рассмотреть другие варианты сборки фрагментов, но и существенно упростил задачу. После редукции количество перекрывающихся фрагментов сократилось с 212 миллионов до 3,1 миллиона, и проблема упростилась в 68 раз. Детали головоломки постепенно, но неуклонно вставали на свои места.
А затем мы могли использовать информацию о способе спаривания последовательностей одного и того же клона, используя «каркасный» алгоритм. Все возможные унитиги со взаимно перекрывающимися парами оснований объединялись в специальные каркасы. Для описания этого этапа в своих лекциях я провожу аналогию с детским игрушечным конструктором Tinkertoys. Он состоит из палочек разной длины, которые можно вставлять в отверстия, расположенные на деревянных узловых деталях (шариках и дисках), и составить так объемную конструкцию. В нашем случае узловые детали - это унитиги. Зная, что парные последовательности располагаются на концах клонов длиной в 2 тысячи, 10 тысяч или 50 тысяч пар оснований - то есть как бы находятся на расстоянии определенного количества отверстий друг от друга, - их можно выстроить в одну линию.
В результате тестирования этой методики на последовательности Джерри Рубина, составлявшей примерно одну пятую генома плодовой мушки, мы получили всего лишь 500 пробелов. Проведя в августе испытания на наших собственных данных, мы получили в результате более 800 тысяч небольших фрагментов. Существенно большее количество данных для обработки показало, что методика работала плохо - результат оказался противоположным ожидаемому. В течение нескольких следующих дней паника нарастала, а список возможных ошибок удлинялся. С верхнего этажа корпуса № 2 адреналиновый раж просачивался в комнату, шутливо называемую «Безмятежными покоями». Однако никакого покоя и безмятежности там не ощущалось, особенно в течение по крайней мере пары недель, когда сотрудники буквально кругами слонялись в поисках выхода из создавшегося положения.
В конце концов проблему решил Артур Делчер, работавший с программой Overlapper. Он заметил нечто странное в 678-й строке кода из 150 тысяч строк, в том месте, где пустяковая неточность означала, что важная часть совпадений не записана. Ошибка была исправлена, и 7 сентября у нас было 134 клеточных каркаса, покрывавших действующий (эухроматический) геном плодовой мушки. Мы были в восторге и с облегчением выдохнули. Пришла пора объявить всему миру о нашем успехе.
Конференция по секвенированию генома, которую я начал проводить несколько лет назад, предоставляла для этого прекрасную возможность. Я был уверен, что найдется большое количество жаждущих удостовериться, сдержали ли мы свое обещание. Я решил, что рассказывать о наших достижениях, и прежде всего о процессе секвенирования, сборке генома и значении этого для науки, должны Марк Адамс, Джин Майерс и Джерри Рубин. Из-за наплыва желающих приехать на конференцию мне пришлось перенести ее из Хилтон-Хеда в более вместительный отель «Фонтенбло» в Майами. На конференции присутствовали представители крупных фармацевтических и биотехнических компаний, специалисты по геномным исследованиям со всего мира, довольно много обозревателей, репортеров и представителей инвестиционных компаний - все были в сборе. Наши конкуренты из компании Incyte потратили немалые средства на организацию приема после окончания конференции, корпоративную видеосъемку и прочее - делали все, дабы убедить публику, что именно они предлагают «самую подробную информацию о геноме человека».
Мы собрались в большом конференц-зале. Выдержанный в нейтральных тонах, украшенный настенными светильниками, он был рассчитан на две тысячи человек, но народ все прибывал, и вскоре зал заполнился до отказа. Открытие конференции состоялось 17 сентября 1999 года, и на первом заседании с сообщениями выступили Джерри, Марк и Джин. После небольшого вступления Джерри Рубин объявил, что собравшимся предстоит услышать о лучшем совместном проекте известных компаний, в котором ему когда-либо довелось участвовать. Атмосфера накалялась. Аудитория поняла, что он не стал бы говорить так высокопарно, если бы у нас не было заготовлено что-то действительно сенсационное.
В воцарившейся тишине Марк Адамс начал подробно описывать работу нашего «производственного цеха» в Celera и наши новые методы секвенирования генома. Однако при этом он ни слова не сказал о собранном геноме, словно поддразнивая публику. Затем вышел Джин, поведавший о принципах метода дробовика, о секвенировании Haemophilus, об основных стадиях работы ассемблера. С помощью компьютерной анимации он продемонстрировал весь процесс обратной сборки генома. Отведенное на выступления время заканчивалось, и многие было уже решили, что все ограничится элементарной презентацией с использованием программы PowerPoint, без предъявления конкретных результатов. Но тут Джин c ехидной улыбкой заметил, что аудитория, наверное, захочет все-таки увидеть реальные результаты и не удовольствуется имитацией.
Невозможно было представить наши результаты яснее и выразительнее, чем это сделал Джин Майерс. Он понял, что сами по себе результаты секвенирования не произведут должного впечатления, поэтому для большей убедительности сравнил их с результатами кропотливого исследования Джерри традиционным методом. Они оказались идентичными! Таким образом, Джин сравнил результаты нашей сборки генома со всеми известными маркерами, картированными на геноме плодовой мушки десятки лет назад. Из тысяч маркеров только шесть не совпадали с результатами нашей сборки. Тщательно исследовав все шесть, мы убедились, что секвенирование в Celera было верным и что ошибки содержались в работах, выполненных в других лабораториях старыми методами. Под конец Джин сообщил, что мы только что приступили к секвенированию ДНК человека, и с повторами здесь наверняка будет меньше проблем, чем в случае дрозофилы.
Последовали громкие и продолжительные аплодисменты. Не прекращавшийся и во время перерыва гул означал, что мы своего добились. Кто-то из журналистов заметил участника государственного проекта генома, сокрушенно качающего головой: «Похоже, эти мерзавцы действительно собираются все сделать» 1 . Мы покинули конференцию с новым зарядом энергии.
Оставалось решить две важные проблемы, и обе были нам хорошо знакомы. Первая - как публиковать результаты. Несмотря на подписанный с Джерри Рубином меморандум о взаимопонимании, сотрудники нашего бизнес-отдела не одобряли идею передачи ценных результатов секвенирования дрозофилы в GenBank. Они предлагали разместить результаты секвенирования плодовой мушки в отдельной базе данных в Национальном центре биотехнологической информации, где ими сможет пользоваться каждый при одном условии - не в коммерческих целях. Вспыльчивый, постоянно курящий Майкл Эшбернер из Европейского института биоинформатики был крайне этим недоволен. Он считал, что компания Celera «всех надула» 2 . (Он писал Рубину: «Что, черт подери, происходит в Celera?» 3) Коллинз тоже был недоволен, но что гораздо важнее, недоволен был и Джерри Рубин. В конце концов я все-таки отослал наши результаты в GenBank.
Вторая проблема касалась дрозофилы - у нас были результаты секвенирования ее генома, но мы совершенно не понимали, что они означают. Нужно было проанализировать их, если мы хотели написать статью, - так же, как четыре года назад в случае с Haemophilus. Анализ и описание генома мушки могли занять более года - а у меня такого времени не было, потому что теперь следовало сосредоточиться на геноме человека. Обсудив это с Джерри и Марком, мы решили вовлечь в работу над Drosophila научное сообщество, превратив это в увлекательную научную задачу, и таким образом быстро продвинуть дело, устроить из скучного процесса описания генома веселый праздник - наподобие международного скаутского слета. Мы назвали его «Геномное Джамбори» и пригласили ведущих ученых со всего мира приехать в Роквилл примерно на неделю или дней на десять - проанализировать геном мушки. На основе полученных результатов мы планировали написать серию статей.
Идея всем понравилась. Джерри начал рассылать приглашения на наше мероприятие группам ведущих исследователей, а специалисты по биоинформатике Celera решали, какие компьютеры и программы понадобятся, чтоб сделать работу ученых максимально эффективной. Мы договорились, что Celera оплатит им расходы на проезд и проживание. Среди приглашенных были и самые мои суровые критики, но мы надеялись, что их политические амбиции не повлияют на успех нашей затеи.
В ноябре к нам прибыло около 40 специалистов по дрозофиле, и даже для наших недругов предложение оказалось слишком привлекательным, чтобы от него отказаться. Вначале, когда участники поняли, что им предстоит проанализировать более ста миллионов пар оснований генетического кода в течение нескольких дней, ситуация была довольно напряженной. Пока вновь прибывшие ученые спали, мои сотрудники круглые сутки трудились, разрабатывая программы решения непредвиденных проблем. К концу третьего дня, когда оказалось, что новые программные средства позволяют ученым, как сказал один из наших гостей, «за несколько часов делать потрясающие открытия, на которые раньше уходила чуть ли не вся жизнь», обстановка разрядилась. Ежедневно в середине дня, по сигналу китайского гонга все собирались вместе - обсудить последние результаты, решить текущие проблемы и составить план работы на следующий раунд.
С каждым днем дискуссии становились все увлекательнее. Благодаря Celera, у наших гостей появилась возможность первыми заглянуть в новый мир, и то, что открывалось взору, превосходило ожидания. Скоро оказалось, что нам не хватает времени обсудить все, что хочется, и понять, что все это значит. Марк устроил праздничный ужин, который продолжался очень недолго, так как все быстро устремились обратно в лаборатории. Скоро обеды и ужины поглощались прямо перед экранами компьютеров с выведенными на них данными о геноме дрозофилы. Впервые были обнаружены долгожданные семейства рецепторных генов и одновременно удивительное количество генов плодовой мушки, аналогичных генам болезней человека. Каждое открытие сопровождалось радостными воплями, свистом и дружескими похлопываниями по плечу. Как это ни удивительно, но среди нашего научного пиршества одна пара нашла время для помолвки.
Было, правда, некое опасение: в ходе работы ученые обнаружили всего около 13 тысяч генов вместо ожидаемых 20 тысяч. Поскольку в «непритязательном» черве C. elegans порядка 20 тысяч генов, многие полагали, что у плодовой мушки их должно быть больше, так как у нее в 10 раз больше клеток и даже есть нервная система. Существовал один простой способ удостовериться, что в расчетах нет ошибки: взять 2500 известных генов мушки и посмотреть, сколько их удалось найти в нашей последовательности. После тщательного анализа Майкл Черри из Стэнфордского университета сообщил, что он обнаружил все гены, кроме шести. После обсуждения эти шесть генов были отнесены к артефактам. То, что гены были выявлены без ошибок, воодушевило нас и придало уверенности. Сообщество тысяч ученых, посвятивших себя исследованию дрозофилы, потратили десятки лет, отслеживая эти 2500 генов, а теперь целых 13 600 были перед ними на экране компьютера.
Во время неизбежной фотосессии в конце работы наступил незабываемый момент: после традиционного похлопывания по плечу и дружеских рукопожатий Майк Эшбернер встал на четвереньки, чтобы я увековечил себя на фотографии, поставив ногу на его спине. Так он хотел - несмотря на все свои сомнения и скептицизм - отдать должное нашим достижениям. Известный генетик, исследователь дрозофилы, он даже придумал соответствующую подпись под фотографией: «Стоя на плечах гиганта». (Он отличался довольно тщедушной фигурой.) «Отдадим должное тому, кто этого заслуживает», - написал он позже 4 . Оппоненты наши пытались представить накладки в передаче результатов секвенирования в общедоступную базу данных как отступление от наших обещаний, но и они вынуждены были признать, что слет внес «чрезвычайно ценный вклад в общемировые исследования плодовой мушки» 5 . Испытав, что такое подлинная «научная нирвана», все расстались друзьями.
Мы решили опубликовать три большие статьи: одну по секвенированию всего генома, где Майк будет первым автором, другую - по сборке генома, где первым автором будет Джин, и третью - по сравнительной геномике червя, дрожжей и генома человека с Джерри в качестве первого автора. Статьи были сданы в редакцию Science в феврале 2000 года и опубликованы в специальном выпуске от 24 марта 2000 года, - меньше чем через год после моей беседы с Джерри Рубином в Колд-Спринг-Харборе. 6 Перед публикацией Джерри организовал для меня выступление на ежегодной конференции по исследованиям дрозофилы в Питтсбурге, на которой присутствовали сотни самых видных специалистов в этой области. На каждое кресло в зале мои сотрудники положили компакт-диск, содержащий весь геном дрозофилы, а также оттиски наших статей, опубликованных в Science. Джерри очень тепло представил меня, уверив собравшихся, что я выполнил все взятые на себя обязательства и что мы прекрасно работали вместе. Мое выступление заканчивалось сообщением о некоторых исследованиях, сделанных во время слета, и краткими комментариями к данным на компакт-диске. Аплодисменты после моего выступления вызвали у меня такое же удивление и были так же приятны, как пять лет назад, когда мы с Хэмом впервые представили геном Haemоphilus на съезде микробиологов. Впоследствии статьи по геному дрозофилы стали наиболее часто цитируемыми статьями в истории науки.
Несмотря на то, что тысячи исследователей плодовой мушки всего мира были в восторге от результатов, мои критики быстро перешли в наступление. Джон Салстон назвал попытку секвенирования генома мушки неудачей, хотя полученная нами последовательность была более полной и более точной, чем результат его кропотливой десятилетней работы по секвенированию генома червя, завершение которой потребовало еще четырех лет после публикации чернового варианта в Science. Коллега Салстона Мейнард Олсон назвал последовательность генома дрозофилы «безобразием», в котором «по милости» Celera придется разбираться участникам государственного проекта генома человека. В действительности же команда Джерри Рубина сумела быстро закрыть оставшиеся пробелы в последовательности путем публикации и сравнительного анализа уже расшифрованного генома менее чем через два года. Эти данные подтвердили, что мы допустили 1–2 ошибки на 10 тысяч пар оснований во всем геноме и менее 1 ошибки на 50 тысяч пар оснований работающего (эухроматического) генома.
Однако, несмотря на всеобщее признание проекта Drosophila, летом 1999 года напряженность в наших отношениях с Тони Уайтом достигла апогея. Уайт никак не мог смириться с вниманием, которое пресса уделяла моей персоне. Каждый раз, приезжая в Celera, он проходил мимо развешанных на стенах в коридоре, рядом с моим кабинетом, копий статей о наших достижениях. А тут мы увеличили одну из них - обложку воскресного приложения газеты USA Today. На ней, под заголовком «Удастся ли этому АВАНТЮРИСТУ совершить величайшее научное открытие нашего времени?» 7 был изображен я, в синей клетчатой рубашке, закинув ногу на ногу, а вокруг меня парили в воздухе Коперник, Галилей, Ньютон и Эйнштейн - и никаких признаков Уайта.
Каждый день его пресс-секретарь звонила узнать, нельзя ли Тони принять участие в кажущемся бесконечным потоке интервью, проходящих в Celera. Он немного успокоился - да и то ненадолго, когда на следующий год ей удалось добиться, чтобы его фотографию поместили на обложке журнала Forbes как человека, который смог увеличить капитализацию компании PerkinElmer от 1,5 миллиарда долларов до 24 миллиардов долларов 8 . («Тони Уайт превратил бедолагу PerkinElmer в высокотехнологичного ловца генов».) Тони не давала покоя и моя общественная активность.
Примерно раз в неделю я выступал c докладом, соглашаясь на малую толику из огромного количества приглашений, которые постоянно получал, потому что мир хотел знать о нашей работе. Тони даже жаловался в совет директоров PerkinElmer, переименованную к тому времени в PE Corporation, что мои поездки и выступления нарушают корпоративные правила. Во время двухнедельного отпуска (за свой счет), который я провел в своем доме на Кейп-Код, Тони вместе с финансовым директором Деннисом Уингером и главным юрисконсультом Applera Уильямом Соучем полетел в Celera, чтобы опросить моих ведущих сотрудников насчет «эффективности руководства Вентера». Они надеялись собрать достаточно грязи, чтобы обосновать мое увольнение. Уайт был поражен, когда все сказали, что если я уйду, они тоже уволятся. Это вызвало огромную напряженность в нашей команде, но и одновременно сплотило нас теснее, чем когда-либо. Мы готовы были праздновать каждую победу как последнюю.
После публикации последовательности генома мушки - к тому времени это была самая большая расшифрованная последовательность в истории - Джин, Хэм, Марк и я подняли тост за то, что выдержали Тони Уайта достаточно долго и добились признания наших успехов. Мы доказали, что наш метод будет работать и при секвенировании генома человека. Даже если бы на следующий день Тони Уайт прекратил финансирование, мы знали - наше главное достижение останется с нами. Больше всего на свете я хотел уйти из Celera и не общаться с Тони Уайтом, но поскольку еще больше я хотел секвенировать геном Homo sapiens, мне приходилось идти на компромисс. Я старался, как мог, ублажить Уайта, только бы продолжить работу и завершить задуманное.
Примечания
1. Shreeve J. The Genome War: How Craig Venter Tried to Capture the Code of Life and Save the World (New York: Ballantine, 2005), p. 285.
2. Ashburner M. Won for All: How the Drosophila Genome Was Sequenced (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006), p. 45.
3. Shreeve J. The Genome War, p. 300.
4. Ashburner M. Won for All, p. 55.
5. Sulston J., Ferry G. The Common Thread (London: Corgi, 2003), p. 232.
6. Adams M. D., Celniker S. E. et al. «The Genome Sequence of Drosophila Melanogaster», Science, № 287, 2185–95, March 24, 2000.
7. Gillis J. «Will this MAVERICK Unlock the Greatest Scientific Discovery of His Age? Copernicus, Newton, Einstein and VENTER?», USA Weekend, January 29–31, 1999.
8. Ross P. E. «Gene Machine», Forbes, February 21, 2000.
Крейг Вентер